يقع المقر الرئيسي للبنك في شارع الجمهورية بالمقرن، الخرطوم. وقد واصل البنك عمله خلال الحرب من مواقع بديلة، ويجري حالياً نقل وحداته تدريجياً إلى الخرطوم؛ ففي أغسطس 2026 دشّن المحافظ العمل بوكالة الاستعلام والتصنيف الائتماني في الخرطوم، وفي سبتمبر 2026 أعيد افتتاح مقر وحدة المعلومات المالية بالخرطوم بعد أن عملت من مدينة عطبرة خلال الحرب. وللبنك شبكة فروع في مختلف الولايات، يمكن معرفة مواقعها من صفحة «مواقع الفروع» على الموقع.